BIj de selectie van standaard boekhoudsoftware is het als eerste van belang na te gaan welke boekhoudfuncties zijn gewenst. Grootboek, debiteuren en crediteuren ligt wellicht voor de hand. Maar is er al gedacht aan budgetten, afschrijvingen en facturering. En bijvoorbeeld een verplichtingenadministratie of het voeren van de werkkostenregeling. En bij grote administraties moet al snel gedacht worden aan rekening courant en consolidatie. Naast functionaliteit zijn een aantal algemene eigenschappen van belang. Bij dit laatste moet gedacht worden aan het voeren van meerdere administraties en een wizard bij het aanmaken van een nieuwe administratie. Ook moet gedacht worden aan functionaliteit in relatie tot algemene basisgegevens, zoals de mogelijkheid om velden aan of uit te zetten bij het onderhouden van de basisgegevens. Verder zijn boekhoudpakketten voor ZZP en klein MKB met name gericht op het direct te kunnen starten (rekeningschema en andere basisgegevens zijn dan al aanwezig) zonder consultancy of uitgebreide opleiding. Terwijl bij boekhoudsoftware voor grote organisaties consultancy en het inrichten van de administratie vaak het leeuwendeel van de kosten vormt. Allemaal zaken om rekening mee te houden bij de selectie van boekhoudsoftware.

Bij het doen van een BTW-aangifte (in de meeste gevallen per kwartaal of per maand) en het opstellen van de jaarcijfers voor de jaarrekening, Aangifte Vennootschapsbelasting (VPB) of Winstaangifte Inkomstenbelasting (IB-winst) is het van belang te controleren of de boekhouding geheel op orde is. En natuurlijk is dit laatste ook voor de ondernemer zelf van belang. Het is natuurlijk mogelijk (en voor grotere organisaties zelfs verplicht) om de boekhouding te laten controleren door een administratie- of accountantskantoor. Maar goede boekhoudsoftware heeft ingebouwde controles op het gebied van data-analyse en audits die deze laatste controle kan vereenvoudigen. 

Een vaste activa administratie is bedoeld om binnen de boekhouding, met behulp van boekhoudsoftware, vaste activa vast te leggen waarop afgeschreven wordt. Bekende voorbeelden van vaste ativa waarop afgeschreven wordt zijn: computers en machines. Dit betreft dan middelen voor eigen gebruik. Een handelaar in computers en machines zal deze zaken, voor zover niet voor eigen gebruik bestemd, vastleggen als voorraad.