Een eerste aandachtspunt is dat lang niet alle boekhoudpakketten standaard een functie voor het maken en verzenden van uitgaande (verkooop)facturen bevat. Lang niet alle bedrijven factureren vanuit hun boekhoudsoftware, maar bijvoorbeeld van een branchegerichte toepassing of bijvoorbeeld webwinkelsoftware. Een groothandel maakt in de regel gebruik van software voor de groothandel met modules als inkopen, voorraad- en magazijnbeheer en verkoopfacturen. Een dienstverlenende organisatie (denk aan een accountantskantoor, advocatenkantoor of belastingadvieskantoor) hebben in de regel aparte software voor het registreren van (declarabele) uren en declaraties (facturen). Een bouwbedrijf werkt met software voor een projectenadministratie, mede om te factureren. En bijvoorbeeld een installatiebedrijf gebruikt een werkorderadministratie om te factureren. Tot slot zijn er nog de ERP-toepassingen die zowel functies voor de boekhouding bevatten als factureren.