BIj de selectie van standaard boekhoudsoftware is het als eerste van belang na te gaan welke boekhoudfuncties zijn gewenst. Grootboek, debiteuren en crediteuren ligt wellicht voor de hand. Maar is er al gedacht aan budgetten, afschrijvingen en facturering. En bijvoorbeeld een verplichtingenadministratie of het voeren van de werkkostenregeling. En bij grote administraties moet al snel gedacht worden aan rekening courant en consolidatie. Naast functionaliteit zijn een aantal algemene eigenschappen van belang. Bij dit laatste moet gedacht worden aan het voeren van meerdere administraties en een wizard bij het aanmaken van een nieuwe administratie. Ook moet gedacht worden aan functionaliteit in relatie tot algemene basisgegevens, zoals de mogelijkheid om velden aan of uit te zetten bij het onderhouden van de basisgegevens. Verder zijn boekhoudpakketten voor ZZP en klein MKB met name gericht op het direct te kunnen starten (rekeningschema en andere basisgegevens zijn dan al aanwezig) zonder consultancy of uitgebreide opleiding. Terwijl bij boekhoudsoftware voor grote organisaties consultancy en het inrichten van de administratie vaak het leeuwendeel van de kosten vormt. Allemaal zaken om rekening mee te houden bij de selectie van boekhoudsoftware.

Workflow Management (WFM) regelt de wijze en volgorde van de activiteiten binnen een bedrijfsproces. Processtappen worden opgegeven met tijdstippen waarop uit te voeren en door welke medewerkers (Human task support). Dit kan ook betrekking hebben op functies binnen boekhoudsoftware. Denk aan een workflow voor het beoordelen en goedkeuren van inkoopfacturen. Of een workflow, waarbij een accountants- of administratiekantoor samenwerkt met een ondernemer om een BTW-aangifte op te stellen, goed te keuren en in te zenden aan de Belastingdienst.

Functionaliteit voor BTW-aangifte is standaard aanwezig binnen elk boekhoudpakket. Alleen voor het elektronisch indienen van een BTW-aangifte bij de belastingdienst wordt soms gebruik gemaakt van andere software. De eigenschappen die verderop aan de orde komen tonen aan dat er nogal wat regelingen zijn als het gaat om BTW-aangifte. Naast de standaard BTW-aangifte (meestal per kwartaal voor kleine ondernemers en per maand voor grotere ondernemers) kan ook sprake zijn van een ICP-opgave (voor IntraCommunautaire Prestaties van goederen en diensten). Het betreft dan leveringen binnen de Europese Unie. Bij een ICP-opgave is in elk geval sprake van een geldig BTW-nummer van zowel de afzender als de ontvanger. 

Veel online boekhoudsoftware voor de ZZP'er en het klein MKB is ingericht om als ondernemer online te kunnen samenwerken met een accountants-, administratie- of belastingadvieskantoor. Een voor de hand liggende taakverdeling is dat de ondernemer zelf de dagelijke registraties verzorgt, zoals het inlezen en verwerken van inkoopfacturen en boekingsbonnen, het inlezen en verwerken van bankmutaties en natuurlijk de verkoopfacturen. Een administratiekantoor kan dan de periodieke BTW-aangifte verzorgen en de jaarlijkse rapportages. Vanzelfsprekend kan ook sprake zijn van een andere taakverdeling, waarbij het van belang is dat betreffende boekhoudsoftware die taakverdeling ondersteunt.

Van boekhoudsoftware mag verwacht worden dat in de basis de benodigde rapportages geleverd worden, zoals: een saldilijst, balans en resultatenrekening en een ouderdomsanalyse debiteuren en crediteuren. Verder behoort een financieel dashboard vandaag de dag tot de standaard bagage van boekhoudsoftware. Bij verslaggeving moet gedacht worden aan een jaarrekening.

De loonaangifteketen is het bekendste voorbeeld van elektronische gegevensuitwisseling vanuit salarissoftware.