Elektronische facturen komen in de regel automatisch in de administratie terecht om verder af te handelen. In best veel gevallen loopt de administratie van een kleine ondernemer (zoals een zzp'er) via een administratiekantoor. Als een factuur per email in PDF wordt ontvangen kan deze ook gezonden worden aan de ondernemer. Ter informatie, om te beoordelen en wellicht om direct te betalen. Bij een factuur in PDF die ontvangen wordt per email kan dan zelfs gewerkt worden met een QR-code om de factuur direct online te betalen. Elektronische facturen komen daarentegen dus direct in de administratie terecht.

Een oplossing is dat vanuit het ontvangende administratiesysteem (denk met name aan het boekhoudpakket) een mail gezonden kan worden met informatie voor de gebruiker (klant van een administratiekantoor) dat er een factuur klaar staat. Al dan niet direct met de mogelijkheid om die factuur te betalen. 

Een andere, modernere, oplossing is dat de gebruiker over een mobiele app beschikt waar de ontvangst van de factuur gemeld en getoond wordt (met tevens inzage in de factuur) en de mogelijkheid geboden wordt de factuur direct te betalen. 

Zodra elektronisch factureren geheel is ingeburgerd in het MKB, verwachten we dat er meer soortgelijke innovatieve oplossingen op de markt verschijnen.