De tijd dat alle gegevens in een boekhoudpakket handmatig ingevoerd worden is inmiddels verleden tijd. Al sinds de jaren tachtig is sprake van koppelingen tussen verschillende administratiesystemen, zoals de loonjournaalpost en/of loonverdeelstaat die uitgewisseld wordt tussen de salarissoftware en boekhoudsoftware en de verkoopfacturen uit een groothandelssysteem die uiteindelijk als openstaande posten (facturen) terecht komen in het boekhoudpakket. Het gaat dan om koppelingen op basis van bestanden die handmatig uitgewisseld worden. Vandaag de dag is een API (Application Programming Interface) het instrument om gegevens real-time uit te wisselen tussen systemen. Verschillende administratiesystemen vormen dan als het ware één groot ecosysteem voor de ondernemer. 

Als het gaan om gegevensuitwisseling zijn de volgende eigenschappen van belang binnen boekhoudsoftware:

• Is mutaties inlezen en verwerken vanuit andere administratiepakketten, (kassasoftware, webwinkels, groothandelstoepassing, etc.) mogelijk? Het gaat dan voornamelijk om het bijwerken van de financiële boekingen door mutaties in genoemde toepassingen. Je kunt betreffende administraties als subadministratie van het grootboek beschouwen. Bij het inlezen van mutaties kan ook rekening gehouden worden met nieuwe relaties (met name klanten oftewel debiteuren). 
  
  
• Zijn API’s beschikbaar voor het uitwisselen van gegevens met systemen van derden? API's zijn hiervoor al even aan de orde geweest. Het is handig als een leverancier van boekhoudsoftware een overzicht beschikbaar heeft met beschikbare api's en de gegevens die daarmee uitgewisseld kunnen worden. Het gaat dan zowel om inkomende- als uitgaande gegevens. 
  
  
• Is import van basisgegevens mogelijk? Hier moet met name gedacht worden aan een relatiebestand (debiteuren en crediteuren) met adres-, contact- en bijvoorbeeld bankgegevens. Onder meer handig als overgegaan wordt vanuit een ander boekhoudpakket. Een tussenoplossing is vaak dat gegevens vanuit Excel ingelezen kunnen worden.
  
  
• Is export van basisgegevens mogelijk? Ook hier gaat het meestal om relatiegegevens.
  
  
• Is export van transacties/mutaties mogelijk? In de basis is de XML Auditfile Financieel hier geschikt voor. Het kan ook zijn dat een leverancier van boekhoudsoftware een eigen exportformaat hanteert, al dan niet in combinatie met een api.

Hieronder volgt een (beperkte) opsomming van mogelijke systemen waarmee een koppeling met boekhoudsoftware plaatsvindt:

• ERP systemen 
• Logistieke systemen 
• Relatiebeheer systemen (CRM) 
• Personeels-informatiesystemen (HRM) 
• Salarissystemen
• Projectadministraties 
• Service/onderhouds-administraties.